Dalla dominazione Vandalica al secondo dopo guerra
Tra il 455-533 d.C., San Sperate subì la dominazione vandalica.
Nel 507-508 il re vandalico Trasamondo, che regnava nell’Africa settentrionale, costrinse molti vescovi africani ad esiliare in Sardegna. Essi portarono con sé le reliquie d’importanti santi provenienti dal nordafrica per sottrarli alla profanazione dei vandali. Tra queste ritroviamo le spoglie di Sant’Agostino, che furono conservate a Cagliari e le reliquie di San Sperate, che invece furono trasportate a San Sperate che all'epoca si chiamava Valeria. Tra il 600 e il 1200, l’antico nome fu poi cambiato in San Sperate, in onore del santo custodito nella chiesa principale.
Nel periodo dominato da Bisanzio, a partire dal VI secolo (583 d.C.), sino all’occupazione pisana avvenuta intorno al XI-XIII secolo, l’importanza di San Sperate va progressivamente regredendo. Nonostante ciò, fu in questo periodo che vennero edificate le due chiese in stile romanico dedicate a Santa Lucia e a San Giovanni.
Nel Medio Evo San Sperate fece parte del Giudicato di Cagliari (Curatoria di Decimo) e subì, per un breve periodo, la dominazione saracena. Fu poi conquistata dai Pisani e successivamente dagli Aragonesi.
Nel 1355, a Cagliari si tenne il primo Parlamento Sardo dove furono presenti anche i rappresentanti di San Sperate. In questo periodo si godeva di una certa libertà democratica: i rappresentanti del Parlamento erano, infatti, eletti dalle Assemblee popolari. Ben presto però anche la Sardegna assunse una struttura feudale e al Parlamento del 1421, al posto dei deputati eletti dal popolo furono inviati i feudatari, per lo più iberici.Con la perdita della libertà politica venne meno così anche quella amministrativa.
Nel 1421, sotto la dominazione aragonese, per volere del re Alfonso V venne dunque istituito il feudo di San Sperate che fu concesso a Giordano de Tolo. La struttura feudale fu mantenuta fino al 1839, con abolizione dei feudi nel 1835.
Con la dominazione spagnola anche San Sperate conobbe lo spopolamento delle campagne e l’esosità del fisco spagnolo e ad eccezione di una breve parentesi austriaca, la dominazione spagnola durò fino ai primi anni del settecento, quando nel 1720 vi fu l’assegnazione dell’isola ai Savoia.
Il 29 novembre 1847, si costituì il Regno Sardo-Piemontese che durò sino alla proclamazione del Regno d’Italia, avvenuta nel 1861. Da allora la Sardegna partecipò alle vicende della storia d’Italia.
In questo periodo furono effettuate molte opere di urbanizzazione e furono realizzate strade e ponti.
Nel 1880 fu presentato un progetto per la realizzazione degli argini del fiume Riu Mannu che però, a causa delle lungaggini burocratiche, non riuscì ad andare avanti. Il 20 ottobre 1892, la tanto temuta alluvione arrivò, causando la morte di ben 69 persone.
Altri lutti si ebbero con la seconda guerra mondiale: molti furono, infatti, i sansperatini che persero la vita per amore della Patria. Dopo la guerra, nel 1948, la Sardegna è inclusa tra le regioni a statuto speciale.